在連續(xù)多茬種植后，產(chǎn)量、品質都受到了很大的影響。連作障礙不單單是連作造成的，還因為長期不合理的農(nóng)事管理。
科學合理的輪作換茬能夠提高產(chǎn)量，保持土壤結構和肥力。一要確定換茬作物，將生育期不同、茬口季節(jié)早晚不同的作物輪換以及同種作物熟期不同的品種搭配種植。二要錯開農(nóng)忙季節(jié)，避免或緩和勞力緊張，保證各項農(nóng)事作業(yè)如期完成，使各種作物都處于最佳的生長季節(jié)，從而獲得高產(chǎn)。三要注意換茬時期，一般是2～3年。
治理連作障礙就要從土壤改良做起，從大棚土壤管理的各個環(huán)節(jié)抓起。對于連作而造成的土壤惡化，需要輪作等多方面的土壤改良。
(1)實行輪作
茄科蔬菜可與葫蘆科蔬菜實行3～5年的輪作，蔬菜與玉米輪作等，可有效降低土壤鹽分，減輕連作危害。
(2)高溫悶棚、消毒
在7月份左右，也就是前茬作物拔秧后，每畝施石灰氮70～80千克、粉碎麥秸500～1000千克，旋耕，粑平。封嚴大棚薄膜，蓋嚴地膜后灌水，日曬15～20天后，大棚通風，并揭去地膜腺曬5～7天，再施肥、整地。
(3)深翻土壤，避免耕作層變淺
由于連年用旋耕機翻地，使土壤耕作層變淺，耕作層變淺不僅不利于根系深扎，而且還容易因澆水施肥而造成傷根。要杜絕連作使用旋耕機翻地，可用旋耕機耕地與人工深翻相結合的方法，人工翻地30厘米左右深，避免地表15～18厘米之下的耕作層形成硬底層，導致活土層(即耕作層)變淺。
(4)減少化肥的能用
土壤板結、“泛青”現(xiàn)象突出，可以說是常年大量施用化肥，土壤中有機質缺乏的表現(xiàn)，因而只有補充有機質才能解決土壤板結的現(xiàn)狀。
同時，有機肥營養(yǎng)全，可長期均衡地供應蔬菜生長所需的營養(yǎng)，避免蔬菜生長后期脫肥早衰的現(xiàn)象發(fā)生，是化學肥料所不能替代的。因此要重施有機肥，辣椒可畝用雞糞15立方米左右。
(5)增施菌肥，維護土壤微生物的平衡
菌肥不僅有降解土壤鹽害﹑改良土壤的作用，而且還有以菌抑菌預防蔬菜死棵、增加土壤有益菌數(shù)量﹑維護土壤微生物平衡的功效。定植時，可穴施大源落地生根抗死棵或激抗菌968壯苗棵不死等。
